Film dzieje się pod koniec XIX wieku w eleganckim domu publicznym w Shanghaju. W filmie przedstawione są dwie historie. Wszystkie są związane z "flower girls", dziewczynami do towarzystwa.
Jedna z nich opowiada o Wongu (Tony Leung), który nie może się zdecydować, z którą z kobiet powinien pozostać, a z którą powinien zerwać. Czy z jego dawną kochanką Crimson (Michiko Hada), czy może z nową Jasmin (Vicky Wei). Druga z historii opowiada o Emerald (Michelle Reis) - jednej z popularnych "flower girls". Stara się ona nawiązać jak najlepsze stosunki z klientami, mając nadzieję, że dzięki temu będzie mogła zacząć nowe życie...

Akcja filmu rozgrywa się w Szanghaju pod koniec XIX wieku w dekadenckim świecie "kwietnych domów", w których kosztownie ubrane kurtyzany piją z klientami herbatę, zabawiają rozmową i przygotowują fajki z opium. Za tymi zrytualizowanymi czynnościami kryje się jednak walka o wpływy i niezależność kobiet, które żyją niczym niewolnice, lecz pragną same decydować o swoim losie. Kwiaty Szanghaju ukazują cztery "kwietne domy". Pierwszoplanowa historia przedstawia Wanga - stałego bywalca rozdartego pomiędzy dwiema kobietami: długoletnią kochanką oraz młodą kurtyzaną.
"Kwiaty Szanghaju" to najbardziej formalny i najpiękniejszy wizualnie film Hou: kadry oświetlone są złotym światłem lamp naftowych i świec, wnętrza wypełniają starannie zaprojektowane rekwizyty i kostiumy z epoki. Ograniczając się jedynie do zamkniętych przestrzeni "kwietnych domów", Hou po mistrzowsku przedstawia hermetyczny świat, w jakim żyły ich mieszkanki. Pokazując piękno dekadencji, film ten przypomina japońskie drzeworyty ukiyo-e, portretujące przepływający świat Yoshiwary. Jednak za tą elegancką fasadą kryją się dramaty kobiet-kwiatów, uwikłanych w skomplikowany system zależności.